阿露托玛雷这城市被喻为世界上最美的水都。小智一行人在该城市水上竞速赛时，偶然遇到了传说神奇宝贝拉帝欧斯和拉帝亚斯。他们是一对感情非常要好的兄妹，拥有隐身、变身和梦境转映等不可思议力量，一直密密地守护保卫整个城市的祥和安宁。之后，城市的长老本葛雷老先生和孙女卡侬对小智他们解释到，在某处幽静的秘密花园里，藏有一颗象征保佑和平安详的秘宝「心之滴」，据说是由拉帝欧斯和拉帝亚斯的泪珠结合而成的。但是，一对怪盗姊妹，姊姊桑娜和妹妹莉翁知道了这个传说中的秘宝，便开始进行抢夺行动。而小智与皮卡丘则被卷进这次事件中。最后，拉帝欧斯被姊妹们抓走，连本葛雷和卡侬也一并被俘虏了！怪盗姊妹利用拉帝欧斯的能力激活了心之滴的封印，而不仅是被封印的化石神奇宝贝恐怖般地复活，连带的阿露托玛雷也受到猛烈海啸的袭击！眼看着能拯救这场危机的剩下拉帝亚斯和小智一行人了，他们究竟能不能阻止怪盗姊妹的邪恶计画呢？最后为了解除这场失序的危机，又会发生什幺扣人心弦的感人插曲呢？